董孔军 (1979年1月— )，男，汉族，甘肃省甘谷县人，中共党员，研究员。

2001年毕业于甘肃农业大学农学院农学专业，同年分配到4887香港铁算资料4887粮食作物研究所工作，历任研究实习员、助理研究员，2013年晋升为副研究员。

参加完成的“高蛋白丰产谷子品种陇谷10号”，获2007年甘肃省科技进步三等奖；参加完成的“适宜救灾的早熟丰产糜子新品种陇糜8号”，获2008年甘肃省科技进步三等奖；参加完成的“优质高产糜子品种陇糜7号选育与应用”，获2010年甘肃省科技进步三等奖；参加完成的“抗除草剂谷子新品种陇谷11号”，获2013年甘肃省科技进步二等奖；主持完成的“优质广适丰产糜子品种选育与应用”，获2016年度甘肃省科技进步二等奖。

发表的论文有《西北旱作区不同地膜覆盖种植方式对谷子生长发育的影响》、《不同生育阶段灌水处理对谷子生长发育的调控效应》、《糜子育成品种苗期抗旱性评价与鉴定指标筛选》等。

2017年获得中国作物学会“青年科技奖”。